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Model repository

Models

+ Miyoshi et al. 2007
+ Plyusnina et al. (in prep.)
+ Hertel et al. 2013
+ Jablonsky et al. 2014
+ Clark et al. 2014 (in progress)
+ Fridlyand et al. 1995
o Grimaud et al. 2014
o E-cyano team 2017, clock & C-N metabolism
o Müller et al. 2019

Simulation of Miyoshi et al. 2007

The SBML file representing the requested model is shown below. Click "SBML download" to save the file into your client file system. The SBML file can be used for further analysis of the model by using third party tools.

SBML download <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" level="2" version="4">
  <model id="M26">
    <annotation>
      <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.model/26/"/>
    </annotation>
    <listOfCompartments>
      <compartment id="cytosol" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/9/"/>
        </annotation>
      </compartment>
    </listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species id="KaiC6" compartment="cytosol" initialConcentration="139.22">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1050/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="PPKaiC6" compartment="cytosol" initialConcentration="779.158">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1050/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CPKaiC6" compartment="cytosol" initialConcentration="1229.563">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1050/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiC" compartment="cytosol" initialConcentration="932.446">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1042/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="PKaiC" compartment="cytosol" initialConcentration="110.829">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1042/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiB4i" compartment="cytosol" initialConcentration="3251.369">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1048/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiB4" compartment="cytosol" initialConcentration="0.173">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1048/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiB" compartment="cytosol" initialConcentration="1130">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1041/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiA2" compartment="cytosol" initialConcentration="166.559">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1045/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiA" compartment="cytosol" initialConcentration="9.998">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1040/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="kaiA_mRNA" compartment="cytosol" initialConcentration="2.856">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1043/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="kaiBC_mRNA" compartment="cytosol" initialConcentration="2.865">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1044/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="KaiA2B4" compartment="cytosol" initialConcentration="51.022">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1049/"/>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfParameters>
      <parameter id="k4" value="1.019e-14" constant="true"/>
      <parameter id="k3" value="0.0001615" constant="true"/>
      <parameter id="k2" value="2.039e-16" constant="true"/>
      <parameter id="k5" value="0.162" constant="true"/>
      <parameter id="k1" value="1.615" constant="true"/>
      <parameter id="k6" value="1.019e-10" constant="true"/>
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      <parameter id="k12" value="0.08788" constant="true"/>
      <parameter id="k21" value="1.079e-08" constant="true"/>
      <parameter id="k22" value="1.079e-05" constant="true"/>
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      <parameter id="ka2" value="64580000" constant="true"/>
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      <parameter id="kcat3" value="1.079" constant="true"/>
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      <parameter id="kcat_b1" value="2.423" constant="true"/>
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      <parameter id="kmdeg2" value="0.178" constant="true"/>
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      <parameter id="ktl1" value="0.008239" constant="true"/>
      <parameter id="ktl2" value="170.1" constant="true"/>
      <parameter id="kbts1" value="3.657e-12" constant="true"/>
      <parameter id="kbts2" value="1e-12" constant="true"/>
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      <parameter id="Km_b2" value="66.75" constant="true"/>
      <parameter id="RNAP" value="5000" constant="true"/>
      <parameter id="L_" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="KaiC_rel" constant="false"/>
      <parameter id="PKaiC_rel" constant="false"/>
    </listOfParameters>
    <listOfRules>
      <assignmentRule variable="KaiC_rel">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
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            <ci> KaiC </ci>
            <apply>
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              <ci> KaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="PKaiC_rel">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <ci> PKaiC </ci>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> KaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
    </listOfRules>
    <listOfReactions>
      <reaction id="R453" name="KaiC hexameric complex dissociation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiC" stoichiometry="6"/>
        </listOfProducts>
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          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
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              <ci> k1 </ci>
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            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R454" name="KaiC hexameric complex formation" reversible="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiC" stoichiometry="6"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <times/>
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              <ci> KaiC </ci>
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              <ci> KaiC </ci>
              <ci> KaiC </ci>
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          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R455" name="partially phosphorylated KaiC hexameric complex dissociation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
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          <speciesReference species="KaiC" stoichiometry="3"/>
          <speciesReference species="PKaiC" stoichiometry="3"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> k3 </ci>
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            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R456" name="partially phosphorylated KaiC hexameric complex formation" reversible="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiC" stoichiometry="3"/>
          <speciesReference species="PKaiC" stoichiometry="3"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> KaiC </ci>
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              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R457" name="completely phosphorylated KaiC hexameric complex dissociation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="CPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PKaiC" stoichiometry="6"/>
        </listOfProducts>
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          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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      <reaction id="R458" name="completely phosphorylated KaiC hexameric complex formation" reversible="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/653/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="PKaiC" stoichiometry="6"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="CPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
              <ci> PKaiC </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R459" name="KaiC hexameric complex auto-phosphorylation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/651/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R460" name="partially phosphorylated KaiC hexameric complex auto-dephosphorylation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/651/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> k22 </ci>
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            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R461" name="partially phosphorylated KaiC hexameric complex auto-phosphorylation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/651/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="CPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> k23 </ci>
              <ci> PPKaiC6 </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R462" name="completely phosphorylated KaiC hexameric complex auto-dephosphorylation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/651/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="CPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PPKaiC6" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
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              <ci> k24 </ci>
              <ci> CPKaiC6 </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R463" name="KaiA dimer dissociation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/672/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiA2" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiA" stoichiometry="2"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> k7 </ci>
              <ci> KaiA2 </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R464" name="KaiA dimer formation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/672/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiA" stoichiometry="2"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiA2" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
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              <ci> k8 </ci>
              <ci> KaiA </ci>
              <ci> KaiA </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R465" name="KaiB-active tetramer formation" reversible="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/655/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiB" stoichiometry="4"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiB4" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> KaiB </ci>
              <ci> KaiB </ci>
              <ci> KaiB </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R466" name="KaiB-active tetramer dissociation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/655/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiB4" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiB" stoichiometry="4"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> k10 </ci>
              <ci> KaiB4 </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R467" name="KaiA dimer and KaiB-active tetramer formation" reversible="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/656/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="KaiB4" stoichiometry="1"/>
          <speciesReference species="KaiA2" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="KaiA2B4" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> k11 </ci>
              <ci> k3629 </ci>
              <ci> KaiB4 </ci>
              <ci> KaiA2 </ci>
            </apply>
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          <listOfParameters>
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      <reaction id="R471" name="KaiC hexameric complex phosphorylation" reversible="false">
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      <reaction id="R473" name="partially phosphorylated KaiC hexameric complex phosphorylation" reversible="false">
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      <reaction id="R478" name="phosphorylated KaiC protein degradation" reversible="false">
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      <reaction id="R479" name="KaiAmRNA degradation" reversible="false">
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        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R480" name="kaiBC mRNA degradation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/668/"/>
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        <listOfReactants>
          <speciesReference species="kaiBC_mRNA" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
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          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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      </reaction>
      <reaction id="R481" name="kaiA mRNA transcription" reversible="false">
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        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R482" name="kaiBC mRNA trascription" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/664/"/>
        </annotation>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="kaiBC_mRNA" stoichiometry="1"/>
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      </reaction>
      <reaction id="R483" name="KaiA translation" reversible="false">
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            <parameter id="k2069" value="0"/>
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      </reaction>
      <reaction id="R484" name="KaiB and KaiC translation" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/666/"/>
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          <modifierSpeciesReference species="kaiBC_mRNA"/>
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          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
    </listOfReactions>
  </model>
</sbml>
Please use the following reference to cite this web site:
M. Trojak, D. Safranek, J. Hrabec, J. Salagovic, F. Romanovska, J. Cerveny: E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. In: Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2016, Vol. 9859 of LNCS, pp. 316-322. Springer, 2016. DOI