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Model repository

Models

+ Miyoshi et al. 2007
+ Plyusnina et al. (in prep.)
+ Hertel et al. 2013
+ Jablonsky et al. 2014
+ Clark et al. 2014 (in progress)
+ Fridlyand et al. 1995
o Grimaud et al. 2014
o E-cyano team 2017, clock & C-N metabolism
o Müller et al. 2019

Simulation of Fridlyand et al. 1995

The SBML file representing the requested model is shown below. Click "SBML download" to save the file into your client file system. The SBML file can be used for further analysis of the model by using third party tools.

SBML download <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" level="2" version="4">
  <model id="M37">
    <annotation>
      <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.model/37/"/>
    </annotation>
    <listOfCompartments>
      <compartment id="carb" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/7/"/>
        </annotation>
      </compartment>
      <compartment id="icyt" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1063/"/>
        </annotation>
      </compartment>
      <compartment id="ocyt" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/1064/"/>
        </annotation>
      </compartment>
      <compartment id="pps" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/8/"/>
        </annotation>
      </compartment>
      <compartment id="liq" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/4/"/>
        </annotation>
      </compartment>
    </listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species id="HCO3_m_carb" compartment="carb" initialConcentration="3910">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/68/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CO2_carb" compartment="carb" initialConcentration="259">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/56/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="HCO3_m_icyt" compartment="icyt" initialConcentration="8870">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/68/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CO2_cyt_icyt" compartment="icyt" initialConcentration="3.7">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/56/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="HCO3_m_ocyt" compartment="ocyt" initialConcentration="8920">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/68/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CO2_cyt_ocyt" compartment="ocyt" initialConcentration="3.5">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/56/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="HCO3_m_pps" compartment="pps" initialConcentration="142">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/68/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CO2_pps" compartment="pps" initialConcentration="3.4">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/56/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="HCO3_m_liq" compartment="liq" initialConcentration="143">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/68/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="CO2_liq" compartment="liq" initialConcentration="3.3">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/56/"/>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfParameters>
      <parameter id="D_C" value="1880" constant="true"/>
      <parameter id="D_H" value="1150" constant="true"/>
      <parameter id="K_3" value="0.00263" constant="true"/>
      <parameter id="K_4" value="0.0372" constant="true"/>
      <parameter id="K_ba" value="1800" constant="true"/>
      <parameter id="K_c" value="250" constant="true"/>
      <parameter id="K_ca" value="30311" constant="true"/>
      <parameter id="K_mc" value="0.4" constant="true"/>
      <parameter id="K_r" value="200000" constant="true"/>
      <parameter id="K_t" value="80" constant="true"/>
      <parameter id="N" value="6" constant="true"/>
      <parameter id="P_b" value="3500" constant="true"/>
      <parameter id="P_cc" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="P_pH" value="0.003" constant="true"/>
      <parameter id="r_1" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="r_2" value="0.2" constant="true"/>
      <parameter id="r_3" value="1.73" constant="true"/>
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      <parameter id="r_6" value="3.54" constant="true"/>
      <parameter id="V_ca" value="8e-10" constant="true"/>
      <parameter id="V_cvolume" value="1" constant="true"/>
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      <parameter id="V_p" value="8e-12" constant="true"/>
      <parameter id="V_t" value="1.6e-11" constant="true"/>
      <parameter id="A_r_4" constant="false"/>
      <parameter id="A_r_3" constant="false"/>
      <parameter id="P_tH" constant="false"/>
      <parameter id="D_xC" constant="false"/>
      <parameter id="D_xH" constant="false"/>
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      <parameter id="zero" value="0" constant="true"/>
      <parameter id="v9" constant="false"/>
      <parameter id="v5" constant="false"/>
      <parameter id="v15" constant="false"/>
      <parameter id="v8" constant="false"/>
      <parameter id="v1" constant="false"/>
      <parameter id="v2" constant="false"/>
      <parameter id="v11" constant="false"/>
    </listOfParameters>
    <listOfRules>
      <assignmentRule variable="A_r_4">
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              <cn type="integer"> 2 </cn>
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          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="A_r_3">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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            <cn type="integer"> 4 </cn>
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            <apply>
              <power/>
              <ci> r_3 </ci>
              <cn type="integer"> 2 </cn>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="P_tH">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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      <assignmentRule variable="v9">
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      <assignmentRule variable="v8">
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        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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      <assignmentRule variable="v11">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <cn type="integer"> 4 </cn>
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              <ci> r_2 </ci>
              <ci> r_1 </ci>
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        </math>
      </assignmentRule>
    </listOfRules>
    <listOfReactions>
      <reaction id="R752" name="Dehydration of HCO3- in cyt_i" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="HCO3_m_icyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="CO2_cyt_icyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
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              <ci> V_cvolume </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R750" name="Dehydration of HCO3- in carb" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="HCO3_m_carb" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="CO2_carb" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
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              </apply>
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                <apply>
                  <times/>
                  <ci> K_ca </ci>
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                </apply>
                <apply>
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              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R751" name="Hydration of CO2 in carb" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="CO2_carb" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="HCO3_m_carb" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
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                  <ci> K_ca </ci>
                  <ci> K_ba </ci>
                </apply>
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                  <ci> K_ba </ci>
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                <apply>
                  <times/>
                  <ci> K_ca </ci>
                  <ci> HCO3_m_carb </ci>
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              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R753" name="Hydration of CO2 in cyt_i" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="CO2_cyt_icyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="HCO3_m_icyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> K_4 </ci>
              <ci> CO2_cyt_icyt </ci>
              <ci> V_cvolume </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R754" name="Dehydration of HCO3- in cyt_e" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="HCO3_m_ocyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="CO2_cyt_ocyt" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> K_3 </ci>
              <ci> HCO3_m_ocyt </ci>
              <ci> V_e </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R755" name="Hydration of CO2 in cyt_e" reversible="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.rule/60/"/>
        </annotation>
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="CO2_cyt_ocyt" stoichiometry="1"/>
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    </listOfReactions>
  </model>
</sbml>
Please use the following reference to cite this web site:
M. Trojak, D. Safranek, J. Hrabec, J. Salagovic, F. Romanovska, J. Cerveny: E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. In: Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2016, Vol. 9859 of LNCS, pp. 316-322. Springer, 2016. DOI