Username:
Password:
Register
Reset password

Model repository

Models

Simulation of Plyusnina et al. (in prep.)

The SBML file representing the requested model is shown below. Click "SBML download" to save the file into your client file system. The SBML file can be used for further analysis of the model by using third party tools.

SBML download <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" level="2" version="4">
  <model id="M33">
    <annotation>
      <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.model/33/"/>
    </annotation>
    <listOfCompartments>
      <compartment id="general" size="1">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/6/"/>
        </annotation>
      </compartment>
    </listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species id="Hi" compartment="general" initialConcentration="1.5">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/16/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="Ho" compartment="general" initialConcentration="1.5">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/16/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="ATP" compartment="general" initialConcentration="0.3">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/52/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="NADH" compartment="general" initialConcentration="0.4">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/70/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="NADPH" compartment="general" initialConcentration="0.3">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/73/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="PQH2" compartment="general" initialConcentration="0.57">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/20/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="fd" compartment="general" initialConcentration="0.4">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/22/"/>
        </annotation>
      </species>
      <species id="pc" compartment="general" initialConcentration="0.5">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/89/"/>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfParameters>
      <parameter id="kcox_1" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kcox2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcox1" value="0.2" constant="true"/>
      <parameter id="katp_gl" value="0.001" constant="true"/>
      <parameter id="ka_2" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="ka_1" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="ka2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ka1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="k_cyc" value="0.001" constant="true"/>
      <parameter id="kHo" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="a0" constant="false"/>
      <parameter id="ftot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="fdtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="cyttot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="cydtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="coxtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="atot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="Vnadp_gl" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="Vnad_gl" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="Vm" value="0" constant="true"/>
      <parameter id="Vatp_gl" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="VHo" value="0.05" constant="true"/>
      <parameter id="VHi" value="0.05" constant="true"/>
      <parameter id="Suc" value="4.5" constant="true"/>
      <parameter id="SD" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="PS2" value="1" constant="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/127/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="PS1" value="1" constant="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/118/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="PQtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="PBS" value="0.3" constant="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/113/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="O2" value="1" constant="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/74/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="NH" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="ND" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="NADtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="NADPtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="Km" value="0.5" constant="true"/>
      <parameter id="light" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="Fum" value="0.4" constant="true"/>
      <parameter id="CX" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="CD" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="ATPtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="kcox_2" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kcyc" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kcyd" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kcyd1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcyd2" value="0.2" constant="true"/>
      <parameter id="kcyd_1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcyd_2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcyt1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcyt2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kcyt_1" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kcyt_2" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kf1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kf2" value="0.22" constant="true"/>
      <parameter id="kf_1" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kf_2" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="knad_gl" value="0.001" constant="true"/>
      <parameter id="knadp_gl" value="0.001" constant="true"/>
      <parameter id="knd1" value="0.2" constant="true"/>
      <parameter id="knd2" value="0.2" constant="true"/>
      <parameter id="knd_1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="knd_2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="knh1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="knh2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="knh_1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="knh_2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ksdh1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ksdh2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kx1" value="4" constant="true"/>
      <parameter id="kx1i" value="2" constant="true"/>
      <parameter id="kx2" value="0.3" constant="true"/>
      <parameter id="kx_1" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="kx_2" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="kx_tr" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kxtr" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="ky1" value="1.5" constant="true"/>
      <parameter id="ky1i" value="2.5" constant="true"/>
      <parameter id="ky2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ky_1" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="ky_2" value="0.5" constant="true"/>
      <parameter id="ky_tr" value="0.01" constant="true"/>
      <parameter id="kytr" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ndtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="nhtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="pctot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="sdhtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="t" value="0" constant="true"/>
      <parameter id="xtot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="ytot" value="1" constant="true"/>
      <parameter id="a1" constant="false"/>
      <parameter id="ADP" constant="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/51/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="cox0" constant="false"/>
      <parameter id="cox1" constant="false"/>
      <parameter id="H2O" value="1" constant="true">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/67/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="cyd0" constant="false"/>
      <parameter id="cyd1" constant="false"/>
      <parameter id="cyt0" constant="false"/>
      <parameter id="cyt1" constant="false"/>
      <parameter id="f0" constant="false"/>
      <parameter id="f1" constant="false"/>
      <parameter id="fd_r" constant="false"/>
      <parameter id="Fun" constant="false"/>
      <parameter id="NAD" constant="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/72/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="NADP" constant="false">
        <annotation>
          <rdf:li xmlns:rdf="rdf" rdf:resource="http://identifiers.org/ecyano.entity/71/"/>
        </annotation>
      </parameter>
      <parameter id="nd0" constant="false"/>
      <parameter id="nd1" constant="false"/>
      <parameter id="nh0" constant="false"/>
      <parameter id="nh1" constant="false"/>
      <parameter id="pc_ox" constant="false"/>
      <parameter id="PQ" constant="false"/>
      <parameter id="q_cyc" constant="false"/>
      <parameter id="qa1" constant="false"/>
      <parameter id="qa2" constant="false"/>
      <parameter id="qa_1" constant="false"/>
      <parameter id="qa_2" constant="false"/>
      <parameter id="qcox1" constant="false"/>
      <parameter id="qcox2" constant="false"/>
      <parameter id="qcox_1" constant="false"/>
      <parameter id="qcox_2" constant="false"/>
      <parameter id="qcyc" constant="false"/>
      <parameter id="qcyd1" constant="false"/>
      <parameter id="qcyd2" constant="false"/>
      <parameter id="qcyd_1" constant="false"/>
      <parameter id="qcyd_2" constant="false"/>
      <parameter id="qcyt1" constant="false"/>
      <parameter id="qcyt2" constant="false"/>
      <parameter id="qcyt_1" constant="false"/>
      <parameter id="qcyt_2" constant="false"/>
      <parameter id="qf1" constant="false"/>
      <parameter id="qf2" constant="false"/>
      <parameter id="qf_1" constant="false"/>
      <parameter id="qf_2" constant="false"/>
      <parameter id="qnd1" constant="false"/>
      <parameter id="qnd2" constant="false"/>
      <parameter id="qnd_1" constant="false"/>
      <parameter id="qnd_2" constant="false"/>
      <parameter id="qnh1" constant="false"/>
      <parameter id="qnh2" constant="false"/>
      <parameter id="qnh_1" constant="false"/>
      <parameter id="qnh_2" constant="false"/>
      <parameter id="qsdh1" constant="false"/>
      <parameter id="qsdh2" constant="false"/>
      <parameter id="qsdh_1" constant="false"/>
      <parameter id="qsdh_2" constant="false"/>
      <parameter id="qx1" constant="false"/>
      <parameter id="qx1i" constant="false"/>
      <parameter id="qx2" constant="false"/>
      <parameter id="qx2i" constant="false"/>
      <parameter id="qx_1" constant="false"/>
      <parameter id="qx_1i" constant="false"/>
      <parameter id="qx_2" constant="false"/>
      <parameter id="qx_2i" constant="false"/>
      <parameter id="qx_tr" constant="false"/>
      <parameter id="qxtr" constant="false"/>
      <parameter id="qy1" constant="false"/>
      <parameter id="qy1i" constant="false"/>
      <parameter id="qy2" constant="false"/>
      <parameter id="qy2i" constant="false"/>
      <parameter id="qy_1" constant="false"/>
      <parameter id="qy_1i" constant="false"/>
      <parameter id="qy_2" constant="false"/>
      <parameter id="qy_2i" constant="false"/>
      <parameter id="qy_tr" constant="false"/>
      <parameter id="qytr" constant="false"/>
      <parameter id="Rx1" constant="false"/>
      <parameter id="Rx2" constant="false"/>
      <parameter id="Rx3" constant="false"/>
      <parameter id="Rx4" constant="false"/>
      <parameter id="Rx5" constant="false"/>
      <parameter id="Ry1" constant="false"/>
      <parameter id="Ry2" constant="false"/>
      <parameter id="Ry3" constant="false"/>
      <parameter id="Ry4" constant="false"/>
      <parameter id="Ry5" constant="false"/>
      <parameter id="sdh0" constant="false"/>
      <parameter id="sdh1" constant="false"/>
      <parameter id="V_a1" constant="false"/>
      <parameter id="V_ATP" constant="false"/>
      <parameter id="V_cox1" constant="false"/>
      <parameter id="V_cyd1" constant="false"/>
      <parameter id="V_cyt1" constant="false"/>
      <parameter id="V_f1" constant="false"/>
      <parameter id="V_fd" constant="false"/>
      <parameter id="V_hi" constant="false"/>
      <parameter id="V_Ho" constant="false"/>
      <parameter id="V_NADH" constant="false"/>
      <parameter id="V_NADPH" constant="false"/>
      <parameter id="V_nd1" constant="false"/>
      <parameter id="V_nh1" constant="false"/>
      <parameter id="V_pc" constant="false"/>
      <parameter id="V_PQH2" constant="false"/>
      <parameter id="V_sdh1" constant="false"/>
      <parameter id="Va1" constant="false"/>
      <parameter id="Va2" constant="false"/>
      <parameter id="Vcox1" constant="false"/>
      <parameter id="Vcox2" constant="false"/>
      <parameter id="Vcyc" constant="false"/>
      <parameter id="Vcyd1" constant="false"/>
      <parameter id="Vcyd2" constant="false"/>
      <parameter id="Vcyt1" constant="false"/>
      <parameter id="Vcyt2" constant="false"/>
      <parameter id="Vf1" constant="false"/>
      <parameter id="Vf2" constant="false"/>
      <parameter id="Vnd1" constant="false"/>
      <parameter id="Vnd2" constant="false"/>
      <parameter id="Vnh1" constant="false"/>
      <parameter id="Vnh2" constant="false"/>
      <parameter id="Vsdh1" constant="false"/>
      <parameter id="Vsdh2" constant="false"/>
      <parameter id="Vx0tr" constant="false"/>
      <parameter id="Vx1" constant="false"/>
      <parameter id="Vx1i" constant="false"/>
      <parameter id="Vx1tr" constant="false"/>
      <parameter id="Vx2" constant="false"/>
      <parameter id="Vx2i" constant="false"/>
      <parameter id="Vy0tr" constant="false"/>
      <parameter id="Vy1" constant="false"/>
      <parameter id="Vy1i" constant="false"/>
      <parameter id="Vy1tr" constant="false"/>
      <parameter id="Vy2" constant="false"/>
      <parameter id="Vy2i" constant="false"/>
      <parameter id="x0a" constant="false"/>
      <parameter id="x0i" constant="false"/>
      <parameter id="x1" constant="false"/>
      <parameter id="x1i" constant="false"/>
      <parameter id="y0" constant="false"/>
      <parameter id="y0i" constant="false"/>
      <parameter id="y1" constant="false"/>
      <parameter id="y1i" constant="false"/>
      <parameter id="ksdh_1" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="ksdh_2" value="0.1" constant="true"/>
      <parameter id="kHi" value="0.01" constant="true"/>
    </listOfParameters>
    <listOfRules>
      <assignmentRule variable="a0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> atot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qa_1 </ci>
                <ci> qa2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qa1 </ci>
              <ci> qa_1 </ci>
              <ci> qa2 </ci>
              <ci> qa_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="a1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> atot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qa1 </ci>
                <ci> qa_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qa1 </ci>
              <ci> qa_1 </ci>
              <ci> qa2 </ci>
              <ci> qa_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="ADP">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> ATPtot </ci>
            <ci> ATP </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cox0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> coxtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcox_1 </ci>
                <ci> qcox2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcox1 </ci>
              <ci> qcox_1 </ci>
              <ci> qcox2 </ci>
              <ci> qcox_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cox1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> coxtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcox1 </ci>
                <ci> qcox_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcox1 </ci>
              <ci> qcox_1 </ci>
              <ci> qcox2 </ci>
              <ci> qcox_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cyd0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> cydtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcyd_1 </ci>
                <ci> qcyd2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcyd1 </ci>
              <ci> qcyd_1 </ci>
              <ci> qcyd2 </ci>
              <ci> qcyd_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cyd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> cydtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcyd1 </ci>
                <ci> qcyd_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcyd1 </ci>
              <ci> qcyd_1 </ci>
              <ci> qcyd2 </ci>
              <ci> qcyd_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cyt0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> cyttot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcyt_1 </ci>
                <ci> q_cyc </ci>
                <ci> qcyt2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcyt1 </ci>
              <ci> qcyc </ci>
              <ci> qcyt_1 </ci>
              <ci> q_cyc </ci>
              <ci> qcyt2 </ci>
              <ci> qcyt_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="cyt1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> cyttot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qcyt1 </ci>
                <ci> q_cyc </ci>
                <ci> qcyt_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qcyt1 </ci>
              <ci> qcyc </ci>
              <ci> qcyt_1 </ci>
              <ci> q_cyc </ci>
              <ci> qcyt2 </ci>
              <ci> qcyt_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="f0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> ftot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qf_1 </ci>
                <ci> qf2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qf1 </ci>
              <ci> qf_1 </ci>
              <ci> qf2 </ci>
              <ci> qf_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="f1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> ftot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qf1 </ci>
                <ci> qf_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qf1 </ci>
              <ci> qf_1 </ci>
              <ci> qf2 </ci>
              <ci> qf_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="fd_r">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> fdtot </ci>
            <ci> fd </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Fun">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <cn type="integer"> 1 </cn>
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> Vm </ci>
                <ci> PQH2 </ci>
                <ci> PQH2 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> Km </ci>
                <apply>
                  <times/>
                  <ci> PQH2 </ci>
                  <ci> PQH2 </ci>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="NAD">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> NADtot </ci>
            <ci> NADH </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="NADP">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> NADPtot </ci>
            <ci> NADPH </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="nd0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> ndtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qnd_1 </ci>
                <ci> qnd2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qnd1 </ci>
              <ci> qnd_1 </ci>
              <ci> qnd2 </ci>
              <ci> qnd_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="nd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> ndtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qnd1 </ci>
                <ci> qnd_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qnd1 </ci>
              <ci> qnd_1 </ci>
              <ci> qnd2 </ci>
              <ci> qnd_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="nh0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> nhtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qnh_1 </ci>
                <ci> qnh2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qnh1 </ci>
              <ci> qnh_1 </ci>
              <ci> qnh2 </ci>
              <ci> qnh_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="nh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> nhtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qnh1 </ci>
                <ci> qnh_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qnh1 </ci>
              <ci> qnh_1 </ci>
              <ci> qnh2 </ci>
              <ci> qnh_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="pc_ox">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> pctot </ci>
            <ci> pc </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="PQ">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> PQtot </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="q_cyc">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> k_cyc </ci>
            <ci> fd </ci>
            <ci> Hi </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qa1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ka1 </ci>
            <ci> ATP </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qa2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ka2 </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <ci> Hi </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qa_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ka_1 </ci>
            <ci> ADP </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qa_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ka_2 </ci>
            <ci> Ho </ci>
            <ci> Ho </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcox1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcox1 </ci>
            <ci> pc </ci>
            <ci> Ho </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcox2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> kcox2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcox_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcox_1 </ci>
            <ci> pc_ox </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcox_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcox_2 </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <apply>
              <power/>
              <ci> O2 </ci>
              <cn type="rational"> 1 <sep/> 4 </cn>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyc">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyc </ci>
            <ci> fd_r </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyd1 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyd2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyd2 </ci>
            <apply>
              <power/>
              <ci> O2 </ci>
              <cn type="rational"> 1 <sep/> 2 </cn>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyd_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyd_1 </ci>
            <ci> PQ </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyd_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> kcyd_2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyt1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyt1 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
            <ci> pc_ox </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyt2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> kcyt2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyt_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> kcyt_1 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qcyt_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kcyt_2 </ci>
            <ci> PQ </ci>
            <ci> pc </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <ci> Hi </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qf1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kf1 </ci>
            <ci> fd_r </ci>
            <ci> fd_r </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qf2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kf2 </ci>
            <ci> NADP </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qf_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kf_1 </ci>
            <ci> fd </ci>
            <ci> fd </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qf_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kf_2 </ci>
            <ci> NADPH </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knd1 </ci>
            <ci> NADPH </ci>
            <ci> Ho </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnd2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knd2 </ci>
            <ci> PQ </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnd_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knd_1 </ci>
            <ci> NADP </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnd_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knd_2 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
            <ci> Hi </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knh1 </ci>
            <ci> NADH </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnh2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knh2 </ci>
            <ci> PQ </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnh_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knh_1 </ci>
            <ci> NAD </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qnh_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> knh_2 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qsdh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ksdh1 </ci>
            <ci> Suc </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qsdh2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ksdh2 </ci>
            <ci> PQ </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qsdh_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ksdh_1 </ci>
            <ci> Fum </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qsdh_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ksdh_2 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kx1 </ci>
            <ci> light </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kx1i </ci>
            <ci> light </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kx2 </ci>
            <ci> PQ </ci>
            <ci> Ho </ci>
            <ci> Ho </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qx2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> kx_1 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx_1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qx_1 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kx_2 </ci>
            <ci> PQH2 </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <ci> Hi </ci>
            <apply>
              <power/>
              <ci> O2 </ci>
              <cn type="rational"> 1 <sep/> 2 </cn>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx_2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qx_2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qx_tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kx_tr </ci>
            <ci> Fun </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qxtr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kxtr </ci>
            <ci> PBS </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ky1 </ci>
            <ci> light </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ky1i </ci>
            <ci> light </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ky2 </ci>
            <ci> pc </ci>
            <ci> fd </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qy2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy_1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> ky_1 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy_1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qy_1 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy_2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> ky_2 </ci>
            <ci> fd_r </ci>
            <ci> pc_ox </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy_2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> qy_2 </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qy_tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <ci> ky_tr </ci>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="qytr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <ci> kytr </ci>
            <ci> PBS </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Rx1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
              </apply>
              <ci> qxtr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
              </apply>
              <ci> qx_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Rx2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qxtr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qx_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Rx3">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
              </apply>
              <ci> qxtr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
              </apply>
              <ci> qx_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Rx4">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qxtr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qx_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Rx5">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qxtr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qx_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1i </ci>
                <ci> qx_1i </ci>
                <ci> qx2i </ci>
                <ci> qx_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> qx_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Ry1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
              </apply>
              <ci> qytr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
              </apply>
              <ci> qy_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Ry2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qytr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qy_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Ry3">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
              </apply>
              <ci> qytr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
              </apply>
              <ci> qy_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Ry4">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qytr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qy_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Ry5">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <ci> qytr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
              <ci> qy_tr </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1i </ci>
                <ci> qy_1i </ci>
                <ci> qy2i </ci>
                <ci> qy_2i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> qy_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="sdh0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> sdhtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qsdh_1 </ci>
                <ci> qsdh2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qsdh1 </ci>
              <ci> qsdh_1 </ci>
              <ci> qsdh2 </ci>
              <ci> qsdh_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="sdh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> sdhtot </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> qsdh1 </ci>
                <ci> qsdh_2 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> qsdh1 </ci>
              <ci> qsdh_1 </ci>
              <ci> qsdh2 </ci>
              <ci> qsdh_2 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_a1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Va1 </ci>
            <ci> Va2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_ATP">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <ci> Va1 </ci>
              </apply>
              <ci> Vatp_gl </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> katp_gl </ci>
              <ci> ATP </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_cox1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vcox1 </ci>
            <ci> Vcox2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_cyd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vcyd1 </ci>
            <ci> Vcyd2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_cyt1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <ci> Vcyt1 </ci>
              <ci> Vcyc </ci>
            </apply>
            <ci> Vcyt2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_f1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vf1 </ci>
            <ci> Vf2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_fd">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <plus/>
            <apply>
              <minus/>
              <ci> Vf1 </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> Vy2 </ci>
                <ci> Vy2i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> Vcyc </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_hi">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> Vx2 </ci>
                  <ci> Vx2i </ci>
                  <ci> Vcyt1 </ci>
                  <ci> Vcyc </ci>
                  <ci> Vnd2 </ci>
                  <ci> Vcox2 </ci>
                </apply>
                <ci> Va2 </ci>
              </apply>
              <ci> VHi </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> kHi </ci>
              <ci> Hi </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_Ho">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <apply>
                  <minus/>
                  <apply>
                    <minus/>
                    <apply>
                      <minus/>
                      <apply>
                        <minus/>
                        <apply>
                          <minus/>
                          <apply>
                            <plus/>
                            <ci> Vx2 </ci>
                            <ci> Vx2i </ci>
                          </apply>
                        </apply>
                        <ci> Vcyc </ci>
                      </apply>
                      <ci> Vf2 </ci>
                    </apply>
                    <ci> Vnd1 </ci>
                  </apply>
                  <ci> Vnh1 </ci>
                </apply>
                <ci> Vcox1 </ci>
              </apply>
              <ci> Va2 </ci>
              <ci> VHo </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> kHo </ci>
              <ci> Ho </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_NADH">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <ci> Vnh1 </ci>
              </apply>
              <ci> Vnad_gl </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> knad_gl </ci>
              <ci> NAD </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_NADPH">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <ci> Vf2 </ci>
                <ci> Vnd1 </ci>
              </apply>
              <ci> Vnadp_gl </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> knadp_gl </ci>
              <ci> NADPH </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_nd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vnd1 </ci>
            <ci> Vnd2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_nh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vnh1 </ci>
            <ci> Vnh2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_pc">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <minus/>
              <ci> Vcyt2 </ci>
              <apply>
                <plus/>
                <ci> Vy2 </ci>
                <ci> Vy2i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> Vcox1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_PQH2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <plus/>
              <apply>
                <minus/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> Vx2 </ci>
                  <ci> Vx2i </ci>
                </apply>
                <ci> Vcyt1 </ci>
              </apply>
              <ci> Vnd2 </ci>
              <ci> Vnh2 </ci>
              <ci> Vsdh2 </ci>
            </apply>
            <ci> Vcyd1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="V_sdh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <ci> Vsdh1 </ci>
            <ci> Vsdh2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Va1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qa1 </ci>
              <ci> a0 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qa_1 </ci>
              <ci> a1 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Va2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qa2 </ci>
              <ci> a1 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qa_2 </ci>
              <ci> a0 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcox1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcox1 </ci>
                <ci> cox0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcox_1 </ci>
                <ci> cox1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> CX </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcox2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcox2 </ci>
                <ci> cox1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcox_2 </ci>
                <ci> cox0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> CX </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcyc">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qcyc </ci>
              <ci> cyt0 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> q_cyc </ci>
              <ci> cyt1 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcyd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcyd1 </ci>
                <ci> cyd0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcyd_1 </ci>
                <ci> cyd1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> CD </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcyd2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcyd2 </ci>
                <ci> cyd1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qcyd_2 </ci>
                <ci> cyd0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> CD </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcyt1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qcyt1 </ci>
              <ci> cyt0 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qcyt_1 </ci>
              <ci> cyt1 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vcyt2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qcyt2 </ci>
              <ci> cyt1 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qcyt_2 </ci>
              <ci> cyt0 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vf1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qf1 </ci>
              <ci> f0 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qf_1 </ci>
              <ci> f1 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vf2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qf2 </ci>
              <ci> f1 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qf_2 </ci>
              <ci> f0 </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vnd1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnd1 </ci>
                <ci> nd0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnd_1 </ci>
                <ci> nd1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> ND </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vnd2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnd2 </ci>
                <ci> nd1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnd_2 </ci>
                <ci> nd0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> ND </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vnh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnh1 </ci>
                <ci> nh0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnh_1 </ci>
                <ci> nh1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> NH </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vnh2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnh2 </ci>
                <ci> nh1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qnh_2 </ci>
                <ci> nh0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> NH </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vsdh1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qsdh1 </ci>
                <ci> sdh0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qsdh_1 </ci>
                <ci> sdh1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> SD </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vsdh2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qsdh2 </ci>
                <ci> sdh1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qsdh_2 </ci>
                <ci> sdh0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> SD </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx0tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qxtr </ci>
              <ci> x0a </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qx_tr </ci>
              <ci> x0i </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> x0a </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> x1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx1 </ci>
                <ci> x0i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx_1 </ci>
                <ci> x1i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx1tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qxtr </ci>
              <ci> x1 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qx_tr </ci>
              <ci> x1i </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> x1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx_2 </ci>
                <ci> x0a </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vx2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx2 </ci>
                <ci> x1i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qx_2 </ci>
                <ci> x0i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS2 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy0tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qytr </ci>
              <ci> y0 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qy_tr </ci>
              <ci> y0i </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> y0 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> y1 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy1 </ci>
                <ci> y0i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy_1 </ci>
                <ci> y1i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy1tr">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <minus/>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qytr </ci>
              <ci> y1 </ci>
            </apply>
            <apply>
              <times/>
              <ci> qy_tr </ci>
              <ci> y1i </ci>
            </apply>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy2">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> y1 </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy_2 </ci>
                <ci> y0 </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="Vy2i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <times/>
            <apply>
              <minus/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy2 </ci>
                <ci> y1i </ci>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <ci> qy_2 </ci>
                <ci> y0i </ci>
              </apply>
            </apply>
            <ci> PS1 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="x0a">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qx_tr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qx_tr </ci>
                  <ci> qxtr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> xtot </ci>
              <ci> Rx1 </ci>
            </apply>
            <ci> Rx5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="x0i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qxtr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qx_tr </ci>
                  <ci> qxtr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> xtot </ci>
              <ci> Rx3 </ci>
            </apply>
            <ci> Rx5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="x1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qx_tr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qx_tr </ci>
                  <ci> qxtr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> xtot </ci>
              <ci> Rx2 </ci>
            </apply>
            <ci> Rx5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="x1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qxtr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qx_tr </ci>
                  <ci> qxtr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> xtot </ci>
              <ci> Rx4 </ci>
            </apply>
            <ci> Rx5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="y0">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qy_tr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qy_tr </ci>
                  <ci> qytr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> ytot </ci>
              <ci> Ry1 </ci>
            </apply>
            <ci> Ry5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="y0i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qytr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qy_tr </ci>
                  <ci> qytr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> ytot </ci>
              <ci> Ry3 </ci>
            </apply>
            <ci> Ry5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="y1">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qy_tr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qy_tr </ci>
                  <ci> qytr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> ytot </ci>
              <ci> Ry2 </ci>
            </apply>
            <ci> Ry5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
      <assignmentRule variable="y1i">
        <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
          <apply>
            <divide/>
            <apply>
              <times/>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> qytr </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> qy_tr </ci>
                  <ci> qytr </ci>
                </apply>
              </apply>
              <ci> ytot </ci>
              <ci> Ry4 </ci>
            </apply>
            <ci> Ry5 </ci>
          </apply>
        </math>
      </assignmentRule>
    </listOfRules>
    <listOfReactions>
      <reaction id="R625" name="v8" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="Hi" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_hi </ci>
              <ci> Hi </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R624" name="v7" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="Ho" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_Ho </ci>
              <ci> Ho </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R623" name="v6" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="ATP" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_ATP </ci>
              <ci> ATP </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R622" name="v5" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="NADH" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_NADH </ci>
              <ci> NADH </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R621" name="v4" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="NADPH" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_NADPH </ci>
              <ci> NADPH </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R620" name="v3" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PQH2" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_PQH2 </ci>
              <ci> PQH2 </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R619" name="v2" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="fd" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_fd </ci>
              <ci> fd </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="R618" name="v1" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="pc" stoichiometry="1"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <ci> V_pc </ci>
              <ci> pc </ci>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
    </listOfReactions>
  </model>
</sbml>

Please use the following reference to cite this web site:
M. Trojak, D. Safranek, J. Hrabec, J. Salagovic, F. Romanovska, J. Cerveny: E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. In: Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2016, Vol. 9859 of LNCS, pp. 316-322. Springer, 2016. DOI